Azərbaycan Qida Təhlükəsizliyi İnstitutunun Mərkəzi Fitosanitar Laboratoriyanın əsas fəaliyyət istiqaməti bitki, bitkiçilik məhsulları və karantin nəzarətində olan materiallarda zərərli orqanizmlərin aşkarlanması və diaqnostikasından ibarətdir. Laboratoriya bitki və bitkiçilik məhsullarının beynəlxalq bazarlara çıxışına dəstək verilməsində və ölkə ərazisində fitosanitar sabitliyin təmin edilməsində mühüm rol oynayır.

Müasir tələblərə cavab verən maddi-texniki bazaya və Avropa ölkələrinin qabaqcıl laboratoriyalarında təlim keçmiş işçi heyətə malik olan Mərkəzi Fitosanitar Laboratoriyada entomoloji, herboloji, fitohelmintoloji, mikoloji, molekulyar, bakterioloji və virusoloji ekspertizalar aparılır. Müayinələr zamanı yüksək optik göstəricilərə malik rəqəmsal Hirox KH 1300, ZEISS Stemi 508, Leica DM 2500 kimi müasir mikroskoplardan, eləcə də Meku sistaayırıcısı və Berman süzmə dəsti kimi cihaz və avadanlıqlardan istifadə edilir. Hirox KH 1300 mikroskopu obyetkin 3D formatında  və 360 dərəcə dönmə ilə görüntüsünü verməklə, mikrometr dəqiqliklə ölçmələr həyata keçirməyə, Leica DM 2500 mikroskopunda istifadə olunan Zero Pixel Shift Texnologiyası sayəsində yüksək böyütmə və dəqiq görüntü alınmaqla kiçik ölçülü orqanizmlərin və onların bədən hissələrinin müşahidə olunmasına və dəqiq diaqnostikasının aparılmasına imkan verir. Bakteriya və virus mənşəli bitki xəstəliklərinin identifikasiyası zamanı imunoferment analizi (Biotek Absorbance ELx800 UV ELISA cihazı ilə), Real zaman Polimeraz Zəncir Reaksiyası (BİORAD CFX-96 Real Time PZR cihazı ilə)  kimi metodlardan istifadə edilir ki, bu da diaqnostikanın daha dəqiq və qısa zamanda aparılmasına şərait yaradır.  

Mərkəzi Fitosanitar Laboratoriya AZS ISO/IEC 17025:2009 “Sınaq və kalibrləmə laboratoriyalarının səlahiyyətliliyinə ümumi tələblər” standartına uyğun akkreditasiya olunub.