Azərbaycan Qida Təhlükəsizliyi İnstitutunun vəzifələrinə qida təhlükəsizliyi sahəsinin elmi əsaslarını işləyib hazırlamaq və Azərbaycan Respublikasının Qida Təhlükəsizliyi Agentliyinə təqdim etmək, hüquqi və fiziki şəxslər üçün qida təhlükəsizliyi göstəriciləri üzrə tədqiqat xidmətləri göstərmək, qida təhlükəsizliyi sahəsində elmi, texniki və praktiki məsləhət xidmətlərinin göstərilməsini həyata keçirmək, qida təhlükəsizliyi sahəsində laboratoriya sisteminin inkişafı ilə bağlı təkliflər vermək, qida zəncirinin bütün mərhələlərində fəaliyyət göstərən subyektlərdə qida təhlükəsizliyi göstəriciləri üzrə tədqiqatların aparılması ilə bağlı xidmətlərin göstərilməsini təşkil etmək, yüksəkixtisaslı kadrların qida təhlükəsizliyi sahəsində elmi-praktiki araşdırma və tədqiqat işlərinin aparılmasına köməklik göstərmək və İnstitutun nizamnaməsində qeyd olunan digər vəzifələr daxildir.