Azərbaycan Qida Təhlükəsizliyi İnstitutunun Analitik Ekspertiza Mərkəzinin nəzdində fəaliyyət göstərən Kompleks Tədqiqatlar Laboratoriyasında baytarlıq preparatlarının, bitki qulluq və mühafizə  vasitələrinin (pestisidlər və gübrələr), eyni zamanda qida məhsulları ilə təmasda olan maddə və materialların, qida məhsullarının, bioloji aktiv qida məhsulları, həmçinin qida qatqılarının tərkib, keyfiyyət və təhlükəsizlik göstəriciləri üzrə müayinələri aparılır. Bu da tarladan süfrəyədək təhlükəsiz qidanın təmin olunmasında mühüm rol oynayır.

Bitki, heyvan, mineral mənşəli xammaldan əldə edilmiş və ya kimyəvi yolla alınmış bioaktiv maddələr və onların komplekslərinin farmasevtik formada hazırlanan bioloji aktiv qida məhsulları qida rasionunu zənginləşdirmək məqsədilə istifadə edilir. Kompleks Tədqiqatlar Laboratoriyasında bioloji aktiv qida məhsulları və qida qatqı maddələrində tələb edilən mikrobioloji, toksikoloji, fiziki-kimyəvi göstəricilər və tərkib təyini üzrə sınaqlar həyata keçirilir. Laboratoriyada bu məhsullar üzrə mikotoksinlərin, ağır metalların miqdarının, pestisidlərin qalıq miqdarının, vitaminlərin, amin turşuların, mineralların, karbohidratların, protein və yağların miqdarının təyini yüksək və ultra yüksək performanslı maye xromatoqrafı (HPLC və UHPLC), kütlə və ikiqat kütlə-spektrometr detektorlu qaz xromatoqrafı (GC–MS və GC-MS/MS), ikiqat kütlə-spektrometr detektorlu maye xromatoqrafı (LC-MS/MS), kütlə dedektorlu maye xromatorqafı (LCMS-9030), kütlə-spektrometr detektorlu İnduktiv Qoşulmuş Plazma (ICP-MS), İnduktiv Qoşulmuş Plazma Optik Emission Spektrometr (ICP-OES) və qrafit sobalı Atom Absorbsion Spektrometr (GF-AAS) cihazlarında aparılır. Qablaşdırma maddə və materialları bölməsində məhsulların tərkib analizi müasir spektrofotometrik (FT-IR, EDX), miqrasiya analizləri kütlə-spektrometr, ultrabənövşəyi və alov-ionlaşdırıcı detektorlu (MS, UV, FID) Qaz və Maye Xromotoqrafları, Atom Absorbsion Spektrofotometr (AAS) cihazları vasitəsilə aparılır.

Kompleks Tədqiqatlar Laboratoriyası İngiltərənin “LGC Standards” şirkəti tərəfindən yemlərdə keyfiyyət (xam protein, xam yağ, xam kül, və nəmlik) və mikrobioloji (salmonella) analizlər üzrə təşkil olunan növbəti səriştəlilik sınaqlarına qatılıb və uğurlu nəticələr əldə edib.