Azərbaycan Qida Təhlükəsizliyi İnstitutunun Milli Referens Laboratoriyasında qida və kənd təsərrüfatı məhsullarının keyfiyyət və təhlükəsizlik parametrlərinə uyğun mikrobioloji, kimyəvi-toksikoloji, radioloji, parazitoloji, fiziki-kimyəvi, GMO və mənşə təyini üzrə müayinələri həyata keçirilir. Laboratoriyanın nəzdində həmçinin səyyar tipli qida laboratoriyası fəaliyyət göstərir. Bu laboratoriya xüsusi dövlət tədbirləri və kütləvi zəhərlənmə hallarında dərhal müayinənin aparılması üçün hazırlanıb.

Milli Referens Laboratoriyası Azərbaycan Akkreditasiya Mərkəzi tərəfindən AZS ISO/IEC 17025:2009 “Sınaq və kalibrləmə laboratoriyalarının səlahiyyətliliyinə ümumi tələblər” standartına uyğun milli akkreditasiyadan və “Almaniya Federativ Respublikasının Milli Akkreditasiya qurumu” (DAkkS) tərəfindən Beynəlxalq takreditasiyadan keçirilib. Laboratoriya Amerika Birləşmiş Ştatları, Böyük Britaniya, Fransa və Polşada  50-dən çox göstərici üzrə təşkil olunan beynəlxalq səriştəlilik sınaqlarında iştirak edərək böyük müvvəfəqiyyət qazanıb.

Milli Referens Laboratoriyasında qida məhsullarında mikotoksinlərin, ağır metalların, antibiotiklərin, pestisidlərin qalıq miqdarının, politsiklik aromatik hidrokarbonların, zülalların və yağların, nitritlərin GMO və mənşə təyini sınaqları aparılır. Bu sınaqlar yüksək performanslı maye xromatoqrafı (HPLC), ikiqat kütlə spektrometrli maye xromatoqrafı (LC-MS/MS), kütlə və ikiqat kütlə spektrometrli qaz xromatoqrafı (GC-MS və GC-MS/MS), induktiv qoşulmuş plazmalı atomik emissiya spektrometri (ICP-AES) və real zamanda polizəncirvari reaksiya cihazı (Real-Time PCR) vasitəsilə həyata keçirilir.

AQTİ-nin Milli Referens Laboratoriyası İngiltərənin “FAPAS” şirkəti tərəfindən təşkil olunan növbəti səriştəlik sınaqlarına qatılıb. Çirkləndirilmiş quzu əti nümunəsində mal, at, uzunqulaq, donuz, qoyun, keçi və toyuq əti DNT-ləri üzrə müayinələr aparan Milli Referens Laboratoriyası ətin mənşəyi parametri üzrə uğurlu nəticə əldə edib. Sınaqlar molekulyar səviyyədə yüksək həssaslığa malik müayinə metodu ilə həyata keçirilib.