Azərbaycan Qida Təhlükəsizliyi İnstitutunun Şamaxı Regional Sınaq Laboratoriyasının əsas fəaliyyət istiqaməti torpaq, su, bitki qulluq və mühafizə vasitələrində (pestisidlər və gübrələr) mikrobioloji müayinələrin həyata keçirilməsidir. Bölmədə sınaqlar xaricdə və ölkəmizə dəvət olunmuş xarici mütəxəssislərin təlim keçdiyi personallar tərəfindən milli və beynəlxalq standartların tələbinə uyğun olaraq aparılır. Həyata keçirilən sınaqların keyfiyyətinə nəzarəti təmin etmək məqsədilə analitik standartlardan, standart referans materiallardan, sertifikatlı referans materiallardan istifadə olunaraq bölmə daxilindəki bütün cihaz və avadanlıqların performans, kalibrləmə yoxlamaları aparılır.

Şamaxı Regional Sınaq Laboratoriyasında nümunələrdə tərkib, mikro və makroelementlərin, ağır metalların miqdarının, pestisidlərin qalıq miqdarının və ümumi üzvi karbon miqdarının təyini ikiqat kütlə-spektrometr detektorlu qaz xromatoqrafı (GC-MS/MS), İnduktiv Qoşulmuş Plazma Atom Emission Spektrometr (ICP-AES) və qrafit sobalı Atom Absorbsion Spektrometr (GF-AAS) və Ümumi üzvi karbon analizator (TOC) cihazlarında aparılır.