Azərbaycan Qida Təhlükəsizliyi İnstitutunun nəzdində ölkədə qida təhlükəsizliyi, heyvan və bitki sağlamlığının qorunması, həmçinin karantin nəzarətinin həyata keçirilməsində mühüm rol oynayan 15 laboratoriya fəaliyyət göstərir. Bu laboratoriyalardan biri də Milli Referens Laboratoriyasıdır. Milli Referens Laboratoriyasında qida təhlükəsizliyi parametrləri üzrə qida və kənd təsərrüfatı məhsullarının keyfiyyət və təhlükəsizlik göstəricilərinin təyini aparılır.

Birləşmiş Millətlər Təşkilatının Ərzaq və Kənd Təsərrüfatı Təşkilatı (FAO), eyni zamanda Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatı (WHO) tərəfindən qurulmuş Kodeks Alimentarius Komissiyasının qəbul etdiyi qida məhsullarının təhlükəsizlik göstəriciləri üzrə normalara uyğunlaşma çərçivəsində Milli Referens Laboratoriyasında bitki məhsullarında 250–yə qədər pestisid qalığının, heyvan mənşəli məhsullarda 25 adda antibiotik qalığının miqdarının təyini ilk dəfə olaraq  Yüksək Performanslı İkiqat Kütlə-spektrometr detektorlu Maye Xromatoqrafı və İkiqat Kütlə-spektrometr detektorlu Qaz Xromatoqrafı kimi cihazlar vasitəsilə həyata keçirilir.

Laboratoriyada kənd təsərrüfatı məhsullarının, qida və qida məhsullarının, “ISO”, “EN, “AOAC”, “NMKL”, “FDA” kimi beynəlxalq standartlarda qeyd olunan keyfiyyət, təhlükəsizlik parametrlərinə uyğun mikrobioloji, toksikoloji, radioloji, parazitoloji, fiziki-kimyəvi, GMO və mənşə təyini müayinələri aparılır.